L'impegno del VIS per la tutela e la valorizzazione della Biodiversità si definisce e assume una prima e importante concretizzazione attraverso un programma di sviluppo realizzato nell'Amazzonia ecuadoriana tra il 1998 e il 2009.
Fondamento di questo programma, è guardare alla biodiversità non solo come ad un valore assoluto da preservare e salvaguardare, ma al contempo come ad una risorsa da valorizzare nell'ambito di iniziative per il miglioramento delle condizioni di vita delle popolazioni locali (comunità indigene).
Per realizzare questo obiettivo le risorse biologiche della foresta diventano oggetto di studio (componente didattica del programma) e oggetto di trasformazione (componente produttiva). Rispetto alla prima componente sono stati organizzati corsi di livello universitario per favorire la conoscenza delle risorse, le loro proprietà e i loro utilizzi, conciliando conoscenze tradizionali e conoscenze tecnologicamente più avanzate: sono state dunque formate figure tecniche specializzate in grado di promuovere lo sviluppo delle proprie comunità con riferimento alla gestione delle risorse biologiche. Rispetto alla seconda componente, in collaborazione con la Fondazione Chankuap di Macas (Ecuador), sono state supportate le varie tappe (produzione, trasformazione e commercializzazione) di filiere agroalimentari e cosmetiche collegate alle risorse amazzoniche. Sono state così offerte opportunità lavorative, equamente retribuite, alle popolazioni dell'area di intervento favorendo al contempo la capacità riproduttiva delle risorse.
I risultati di questa iniziativa sono stati così rilevanti da determinare, nel 2007, la richiesta da parte delle federazioni indigene Achuar dell'Amazzonia del Perù di un intervento speculare nel loro territorio. Dopo due anni di studio e di fattibilità per identificare una strategia analoga ma contestualizzata ed adattata, lo scorso anno è stata avviata anche in Perù un'iniziativa in questo ambito.